Debe su existencia como especie reconocida a un descubrimiento bioacústico que cambió la forma de estudiar murciélagos en toda Europa: a finales de los años noventa, investigadores que grababan al que entonces se consideraba un único pipistrelo común notaron que en realidad emitía dos frecuencias de ecolocalización claramente distintas, una en torno a los 45 kHz y otra en torno a los 55, y que esa diferencia acústica coincidía con diferencias genéticas reales. Aquel hallazgo dividió de la noche a la mañana lo que se creía una sola especie extendida por todo el continente en dos, y esta es la de frecuencia más aguda, algo menor de tamaño que su gemela recién separada. Es también uno de los pocos casos en los que dos especies de murciélago tan parecidas sí pueden diferenciarse con fiabilidad por el sonido, justo al contrario de lo que ocurre con la mayoría de las parejas de especies gemelas de Europa.
Murciélago muy pequeño, ligeramente menor que el pipistrelo común, pelaje pardo oscuro. Es prácticamente indistinguible a simple vista del pipistrelo común, del que se separó como especie propia gracias a la genética y la bioacústica; a diferencia de la mayoría de los pares de especies gemelas de murciélago europeas, esta sí puede diferenciarse con fiabilidad de su gemela por la frecuencia de ecolocalización.
Frecuencia de máxima energía entre 53 y 58 kHz, notablemente más aguda que la del pipistrelo común. Pulso de tipo FM-QCF, visible en el detector como un trazo que empieza inclinado y se aplana hacia una barra horizontal, con la misma forma general que el pipistrelo común pero desplazada a una frecuencia más alta. Duración de 4 a 8 milisegundos. A diferencia de la mayoría de las parejas de especies gemelas europeas, esta especie sí es separable con fiabilidad del pipistrelo común por el sonograma, gracias a la diferencia de frecuencia de aproximadamente 10 kHz entre ambas, uno de los pocos casos bien resueltos de identificación acústica segura entre especies muy próximas. Bajo las grietas de edificio o árbol usadas como refugio se acumula guano fino y granuloso en montones alargados; emerge relativamente temprano tras la puesta de sol, con vuelo bajo y muy maniobrable cerca del agua y la vegetación.
Zonas de agua abierta, humedal, bosque de ribera y zonas urbanas con vegetación, desde tierras bajas hasta zonas de montaña media. Distribuida por gran parte de Europa, con un área muy similar a la del pipistrelo común, del que se separó como especie propia relativamente hace poco.
Insectívoro, caza pequeños insectos voladores, sobre todo mosquito y díptero, con frecuencia sobre agua abierta y zonas de vegetación densa junto a cursos de agua.
Forma colonias de cría en grietas de edificio y huecos de árbol, con una fuerte asociación a zonas de agua abierta para la caza. Su reconocimiento como especie propia distinta del pipistrelo común es relativamente reciente, y buena parte de los estudios de distribución y abundancia anteriores a ese reconocimiento mezclaban datos de ambas especies sin distinguirlas.
Sus poblaciones se consideran generalmente estables en la mayor parte de su área, sin indicios de declive generalizado, aunque los datos históricos anteriores a su separación taxonómica de mediados de los noventa deben interpretarse con cautela al no distinguir entre ambas especies gemelas.
Pérdida de zonas de agua abierta y vegetación de ribera de las que depende para cazar, contaminación de cursos de agua que reduce la disponibilidad de insectos acuáticos, y pérdida de refugios en grietas de edificios antiguos.
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